Különböző sterilizációs módszereket választanak ki az endoszkópos műszerek és alkatrészeik eltérő teljesítménye, valamint a műszer gyártója által megadott releváns információk alapján. ,
1. Nagynyomású gőzsterilizálás: Minden autoklávozható endoszkópos sebészeti műszert nagy nyomással kell sterilizálni.
2. Etilén-oxid: Az etilén-oxid erős sterilizáló ereje, széles körben elterjedt sterilizálása, nem károsítja az elemeket, és erős áthatoló ereje van. Nem alkalmas nagynyomású gőz használata endoszkópos lencsék, kamerák, fényforrássugarak, elektrokoagulációs vezetékek stb. sterilizálására. Ezzel a módszerrel mindegyik sterilizálható.
3. 2%-os glutáraldehid áztatás: endoszkópos műszerek merítős sterilizálására használják. 10 órán át kell áztatni. Áztatás közben a műszer illesztéseit fel kell nyitni, és a lument áztatófolyadékkal kell feltölteni. A megmaradt gyógyászati oldatot használat előtt steril vízzel többször le kell öblíteni.
4. Orvosi sterilizáló sterilizálás.
